Présentation générale et objectifs

A l'unité de recherche de Rocquencourt, des chercheurs issus de différents projets mènent des travaux sur le thème de l'analyse de séquences nucléiques et protéiques. Ils sont regroupés en une ``Action Transversale Génome et Calcul'' (ATGC) afin de:

mieux identifier les efforts de l'unité de recherche dans ce domaine,
faciliter l'accès de l'extérieur à ces recherches,
mettre en commun les moyens, les investissements en connaissances biologiques, les contacts avec des équipes de recherche en biologie,
comparer différentes approches méthodologiques pour un même problème.

Les domaines de l'informatique impliqués sont:

les bases de données,
l'algorithmique (pour les comparaisons de séquences et la recherche de motifs),
le calcul intensif, car des comparaisons systématiques sont très coûteuses et nécessitent des solutions logicielles ou matérielles spécifiques,
l'analyse des données,

Ces recherches se structurent autour de la réalisation du logiciel de comparaison de séquences LASSAP (cf. section ). Une collaboration étroite, sur la classification de génomes microbiens, est menée avec l'équipe du CGM/UVSQ (Centre de Génétique Moléculaire et l'Université Versailles Saint Quentin) du professeur Piotr Slonimski (cf. paragraphe ).

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