Logiciels

Bibliothèque EpidaureLib

Participants : Grégoire Malandain , Jean-Philippe Thirion , Nicholas Ayache

Cette bibliothèque regroupe, d'une part, un certain nombre d'outils de base de traitement des images 3D (filtrage, morphologie mathématique, etc), et, d'autre part, quelques outils dédiés à une application spécifique (recalage d'image, etc).

Elle est utilisée au sein du projet, peut être mise à disposition de partenaires universitaires privilégiés, et est commercialisée par la société Focus Imaging.

Bibliothèque Simplex

Participants : Johan Montagnat , Hervé Delingette

Cette bibliothèque regroupe les outils de reconstruction tridimensionnelle et de segmentation d'images volumiques fondés sur les maillages simplexes. Cette bibliothèque permet de déformer une surface, quelle que soit sa topologie, afin d'approximer et d'extrapoler les données issues d'un nuage de points ou d'une image volumique médicale. Elle a été mise à disposition de partenaires universitaires privilégiés.

Bibliothèque PFL

Participant : Xavier Pennec

Déposée à l'APP (Agence pour la Protection des Programmes) en juin 1997, la bibliothèque PFL (pour Probabilistic Feature Library) est une structure logicielle pour la manipulation rigoureuse de primitives géométriques incertaines. Elle implémente la théorie de l'incertitude, sur les variétés différentielles homogènes et les groupes de Lie, développée dans [4]. Le principe général présidant à l'organisation de la bibliothèque est plus particulièrement détaillé au chapitre 6.

La bibliothèque est divisée en trois parties :

la bibliothèque LibPFLinalg regroupe les opérations relatives à l'algèbre linéaire (vecteurs, matrices, matrices symétriques), une implémentation efficace du filtre de Kalman et diverses fonctions statistiques,
la libraire LibPFBasic rassemble les opérations de bas niveau relatives aux rotations et transformations rigides tridimensionnelles, et aux primitives géométriques implémentées (repères, repères semi et non orientés, points),
la bibliothèque LibPFRegister implémente les opérations de haut niveau pour le recalage à partir de primitives géométriques incertaines.

Ces bibliothèques reposent sur la bibliothèque Epidaure pour la gestion des exceptions ainsi que pour celle des listes dans le cas de LibPFRegister.

Programme PFRegister

Participant : Xavier Pennec

Déposé à l'APP en juin 1997, PFRegister est une structure logicielle de haut niveau pour le recalage rigide 3D à partir de primitives géométriques incertaines (repères, repères semi ou non orientés, points), incluant le calcul de l'incertitude sur la transformation rigide estimée et une méthode de validation statistique de cette incertitude.

Il implémente la combinaison d'algorithmes de recalage et d'estimation de l'incertitude développée dans [52] ainsi que leur validation. Il est accompagné pour cela de trois petits utilitaires (Synthetic, Synthetest et Valindex).

Les programmes reposent sur la bibliothèque Epidaure pour la gestion des exceptions et des listes, et sur la bibliothèque PFL pour toutes les opérations de bas niveau sur les primitives géométriques et les transformations rigides, ainsi que pour les algorithmes de recalage à partir de primitives géométriques incertaines.

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