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Les domaines d'applications interviennent naturellement dans notre cadre de travail, même si nous nous posons pour l'instant plutôt des problèmes méthodologiques. L'application principale est aux bioréacteurs, et permet donc de considérer les problèmes d'agro-alimentaire, de production de substances utiles en pharmaceutique ou en cosmétique, et d'épuration des eaux ou des déchets biologiques [BO86].
Du côté épuration par exemple, face à l'impact écologique du développement urbain et de la croissance démographique, la préservation des écosystèmes et du milieu naturel entraîne un durcissement de la réglementation des rejets des stations d'épuration (cf. la directive européenne du 21 mai 1991 concernant le programme d'assainissement s'échelonnant entre 1998 et 2005). Parmi les différentes méthodes appliquées, le traitement biologique aura certainement un rôle important à jouer, particulièrement le procédé des boues activées.
Le premier objectif du travail concerne la modélisation du processus (aérateur et décanteur). La problématique est de trouver un modèle mathématique à la fois suffisamment complexe pour décrire les activités biochimiques importantes pouvant intervenir au cours du traitement biologique (croissance des micro-organismes, oxydation, nitrification, dénitrification, hydrolyse, sédimentation,...) et suffisamment simple pour permettre une étude rigoureuse (analyse théorique, identification des paramètres, estimation des variables,...).