Recherche d'information en cartographie génomique

Dans cette application, le dialogue homme-machine est finalisé dans un domaine clairement spécifié. Les développements des études sur les génomes (génomique) au cours des 10 dernières années ont conduit à l'accumulation de quantités toujours croissantes de données. La plupart de ces données sont accessibles sous forme structurée dans des bases de données spécialisées. Le biologiste du génome se trouve néanmoins confronté à des problèmes de recherche et de représentation des données sur le génome : accès aux bases de données, extraction de données, analyse de pertinence et de cohèrence entre les données, fusion de résultats de recherche à partir de ressources hétérogènes, visualisation, mise-à-jour etc.

Des propositions en termes de dialogue homme-machine et de recherche d'information seront ici mises à profit dans une approche pluri-disciplinaire impliquant notamment M.-D. Devignes et M. Smail. L'objectif à atteindre du point de vue de la génomique consiste à permettre à divers types d'utilisateurs biologistes de rechercher pour un gène donné toutes les données de cartographie disponibles le concernant, d'évaluer la pertinence de ces données et de les intégrer sous forme de synthèse.

Du point de vue de l'informatique, les aspects de recherche d'information sont modélisés, en privilégiant une interaction forte avec l'utilisateur et une assistance à la navigation pour l'accès à un grand nombre de sources hétérogènes de données. Les données collectées lors de chaque requête sont sauvegardées dans un document structuré selon le standard XML et pour lequel une DTD a été conçue.

Un prototype (Xmap) est en cours d'implémentation. Deux modules viennent y compléter le module de recherche d'information proprement dit : un module de visualisation des résultats de la recherche et un module d'interface multimodale (en lien avec les développements de la plate-forme Multidial).

Cette interface pourra ensuite donner lieu à plusieurs types d'expérimentation :